Caratterizzazione molecolare e genomica di ceppi batterici antibiotico-resistenti provenienti da matrici animali e ambientali per l’identificazione di cluster epidemiologici e lo studio della diffusione dei determinanti di resistenza

La caratterizzazione genotipica dei batteri antibiotico-resistenti (AMR) è essenziale per comprendere la diffusione dei geni di resistenza e le dinamiche epidemiologiche dei ceppi circolanti tra animali, ambiente e uomo nell’ambito dell’approccio One Health. Le metodiche PCR consentono l’identificazione rapida di specifici geni di resistenza, mentre il Whole Genome Sequencing (WGS) permette una caratterizzazione genomica completa. In questo contesto, il sequenziamento nanopore rappresenta una tecnologia rapida, accessibile ed economicamente sostenibile per analisi genomiche ad alta risoluzione. Il progetto prevede l’applicazione di PCR e WGS nanopore a una selezione di isolati della ceppoteca VeLaBac dell’Università di Bologna, composta da oltre 1.500 ceppi AMR di origine animale e ambientale, per identificare cluster epidemiologici e studiare la diffusione dei meccanismi di resistenza antimicrobica.